Le Centre Hospitalier de la Côte Basque s’organise sur 4 sites principaux :
- le site de Saint Léon, où s’exercent les principales activités de MCO ;
- le site de Cam de Prats, où sont regroupées la psychiatrie adulte (3 secteurs) et la filière gériatrique infra-territoriale Bayonne-Hasparren ;
- le site Lormand, où s’organise l’activité de pédopsychiatrie et de psychiatrie de l’adolescent ;
- le site de Saint-Jean-de-Luz siège de la filière gériatrique infra-territoriale Saint-Jean-de-Luz – Sare, et de la neuro-rééducation.
Les activités cliniques et médicotechniques sont organisées en 9 pôles d’activités. Les fonctions de gestion sont réunies dans un pôle administratif, technique et logistique.